13の神様が祀られていることが名前の由来。
祭神は、伊豆七島の開祖と云われる事代主神（ことしろぬしのみこと）をはじめ、島内各所に祀られている十三神を合祀。その他に天照皇大神をはじめ、八幡大神、春日大明神、東照宮の四柱の神々が祀られている。

伊豆諸島随一の規模を誇るこの神社の例大祭は12月８日。
神事「神楽」「獅子木遣（ししきやり）」は都の無形民俗文化財に指定されています。
御大典や御遷宮など特別な時に獅子木遣を行います。獅子木遣は雄雌２頭の獅子を中心とした行列が十三社神社から練り出て、木遣の歌に合わせて村内を巡るものを指します。

近年では、例大祭12月８日の前夜の夜宮では境内の神楽殿で獅子木遣が行われます。
その際に登場する獅子は上記の本獅子とは異なる獅子を用いて、獅子木遣が行われます。
令和６年に子獅子が誕生し子供たちが舞うようになり、伝統文化の継承につなげる活動をしています。

十三社神社に関するお問い合わせは下記電話番号までお願いいたします。
04992-5-0105

獅子木遣などの新島の文化に関することは、新島村博物館または、当観光案内所までお問い合わせください。